مرحله اجرا یا پیاده‌سازی بودجه اغلب جالب‌ترین بخش این روند است که می‌تواند بیشتر از دیگر مراحل داده در اختیار شهروندانی بگذارد که بودجه را پایش می‌کنند. این مرحله از چرخه بودجه ممکن است شامل موارد زیر باشد: پایش چگونگی جمع‌آوری و ثبت درآمد‌ها توسط دولت؛ و پایش و ردگیری هزینه‌ها، تدارکات و تصیمات مرتبط با مسائل مالی توسط دولت.
در ایران بودجه دولت معمولاً هزینه‌های دوره‌ای دوازده ماهه را پوشش می‌دهد. بودجه پس از تصویب به طور علنی در دسترس عموم قرار گرفته، همه می‌توانند آن را بررسی کنند. با این حال متن بودجه‌ای که به طور علنی منتشر می‌شود نسبت به آن چه در اختیار نهادهای مصرف‌کننده آن قرار می‌گیرد جزئیات کمتری دارد. اگر گروه پایش‌گر به طور مستقیم از نهادهای هزینه‌کننده (مثلاً خدمات شهری شهرداری) درخواست کند می‌تواند از آن طریق به جزئیات بودجه دسترسی پیدا کند. چنین جزئیاتی هنگام ردگیری نحوه اجرای پروژه‌های تدراکاتی خاص، مانند راه‌سازی، یا میزان حقوق کارکنان دولت به کار می‌آید.
اسناد مربوط به تدارکات دولتی؛ اطلاعات مربوط به حقوق و دستمزدها؛ سوابق گزارش‌های مالی دوره‌ای؛ اسناد ممیزی و سوابق جلسات کمیسیون بودجه مجلس
گروه پایش‌گر باید هنگام پایش اجرای بودجه به طور بسیار دقیق سوابق همه طرح‌های مربوط به پایش را نگهداری کند. موفق‌ترین طرح‌های پایش همیشه بر حقایقی هم چون اسناد رسمی دولتی، مدارک مرتبط و شواهد عینی استوار بوده، یافته‌هایشان تا حد امکان عا‌‌ری از نظرات شخصی است. گروه پایش‌گر برای دست‌یابی به چنین یافته‌های دقیقی باید هنگام گردآوری داده به شیوه‌ای سنجیده و روشمند عمل کند. چنین روی‌کردی کمک می‌کند تا پس از انتشار نتایج پایش بتوان بهتر به واکنش‌های منفی به آن پاسخ داد. درس پنج بیشتر در این مورد توضیح ارائه می‌کند.
وقتی شهروندان پروژه‌های عمرانی/تدارکاتی خاصی، هم چون پروژه‌های توسعه زیرساخت، را پایش می‌کنند ممکن است لازم شود که اطلاعات در محل انجام کار را نیز مستندسازی کنند. برای مثال تصور کنید که ۱۰۰ هزار دلار به پروژه ساخت جاده‌ای جدید میان دو شهر اختصاص داده شده است. پس از برگزاری مناقصه‌ای شفاف شرکت راه‌سازی شناسایی شده و کار را آغاز می‌کند. شایعاتی است این شرکت در گذشته از مصالح نامرغوب در پروژه‌هایش استفاده کرده که در نتیجه آن آسفالت جاده باید به کررات تعمیر می‌شده است. گروهی که این پروژه خاص را پایش می‌کنند ممکن است بخواهد به محل اجرای طرح رفته و از نزدیک پیشرفت پروژه، مصالح به کار رفته و طرز انجام کار را مستندسازی کند. شواهدی که این چنین به صورت حضوری به دست می‌آید برای گزارش یافته‌ها بسیار با ارزش است.